תכניות לתואר שלישי מתקיימות בחוגים הבאים:
הפקולטה למדעי הרוח
ארכיאולוגיה, היסטוריה כללית, היסטוריה של המזרח התיכון, תולדות ישראל, לימודי ארץ ישראל, לשון עברית, מקרא, ספרות עברית והשוואתית, פילוסופיה, ציוויליזציות ימיות, שפה וספרות אנגלית, שפה וספרות ערבית, שפה וספרות צרפתית
הפקולטה למדעי החברה
ביה"ס למדעי המדינה, גיאוגרפיה ולימודי סביבה, כלכלה, סוציולוגיה ואנתרופולוגיה, סטטיסטיקה, פסיכולוגיה, תקשורת
הפקולטה למדעים והוראתם
מתמטיקה
הפקולטה למדעי הרווחה והבריאות
ביה"ס לעבודה סוציאלית, החוג לריפוי ועיסוק
הפקולטה לחינוך
חינוך, החוג ללקויות למידה
לימודי דוקטורט במסגרת הוועדה הכלל אוניברסיטאית
במקרים מיוחדים ניתן להגיש בקשה להתקבל ללימודי תואר שלישי בתחומים שבהם אין מקיימים לימודים חוגיים לתואר שלישי או בנושאים בין-תחומיים. הבקשה תוגש ישירות אל הרשות ללימודים מתקדמים. הוועדה הכלל אוניברסיטאית לתלמידי מחקר, המשמשת במקרים אלו כוועדת דוקטורט חוגית, מוסמכת לאשר את הקבלה של המועמדים למסלול זה, את המנחה/ים של עבודת הדוקטור, את מהלך הלימודים והמחקר, את שופטי עבודת הדוקטור ואת הזכאות לתואר (ראה תנאי קבלה ואופן הרשמה).
